Begin 1910 knoopt de dan 53-jarige Snouck een relatie aan met de 36-jarige Ida Oort, dochter van Abraham Oort, voormalig predikant van de Hervormde Gemeente in Zutphen. Op 8 juli trouwen ze met elkaar. In december 1914 wordt hun dochter Christien geboren. Zij gaat uiteindelijk in Leiden klassieke talen sturen en hield haar vader in 1936 op zijn sterfbed gezelschap.
Snouck en zijn dochter Christien, ca. 1927, collectie nazaten van Snouck Hurgronje in Indonesië, Bandung