Di Leiden Snouck (kedua dari kanan) adalah mahasiswa yang tekun dan tinggal di Hooigracht di Leiden dengan ibu, kakak dan adik perempuannya. Dengan teman-teman kuliahnya seperti Herman Bavinck, Bastiaan van Dam, dan Pieter van Romburgh dia menjalin persahabatan seumur hidup. Setelah menyelesaikan ujian sarjananya, Snouck memutuskan untuk menulis disertasi. Dia mengkaji selain Al-Qur’an juga pelbagai penulis Arab dari abad-abad pertama setelah perjalanan Muhammad ke Makkah untuk mencari tahu ciri asli dari ritual-ritual di Makkah. Salah satu kesimpulannya adalah bahwa di masa sebelum kemunculan Muhammad, di Makkah yang diutamakan pasar tahunan dan bukan ritual-ritual yang berakar secara mendalam di agama. Pada November 1880 Snouck meraih gelar doktor dengan judul disertasi Het Mekkaansche feest.
B. Bruining, Snouck ketika mahasiswa, 1878, inv.nr. Or. 8952 L 5.15