Snouck is na zijn verblijf in Mekka vastbesloten naar Nederlands-Indië te gaan om er de islamitische samenleving te kunnen bestuderen. Hij weet minister van Koloniën Keuchenius ervan te overtuigen hem voor een periode van vooralsnog twee jaar naar de kolonie te sturen. In maart 1889 vertrekt hij vanuit Leiden richting Batavia waar hij de opdracht krijgt de islam op Java te bestuderen. Hij reist daartoe over het eiland, waarbij de islamgeleerden Sajjid Oethman en hadji Hasan Moestapa worden aangesteld als zijn assistenten. Het is het begin van een 17-jaar durende carrière als adviseur voor Inlandse en Arabische Zaken in Nederlands-Indië. Snouck voorziet in deze jaren de koloniale overheid inclusief allerlei lokale Nederlandse ambtenaren van veel adviezen over de islam in het algemeen, de toepassing van het

islamitische recht, het omgaan met allerlei islamitische aangelegenheden en hoe een islamitische bevolking het best kon worden bestuurd. Tevens heeft hij een belangrijke invloed op de benoeming van de penghoeloes en hoofdpenghoeloes op Java en elders.Daarbij constateert hij dat de islam in Nederlands-Indië een eigen karakter heeft waarin mystiek een belangrijke rol speelt. Daarbij zijn allerlei pre-islamitische gebruiken en overtuigingen blijven voortbestaan, waardoor overigens de Indonesische moslims niet minder moslim zijn dan moslims elders op de wereld. Zijn uitspraken over godsdienstige kwesties hebben gezag, ook onder Indonesische moslims.