Snouck wordt zijn gehele leven omringd door vrouwen. Zijn vader overlijdt wanneer hij net 13 jaar is geworden. De belangrijkste vrouw in zijn leven is zijn moeder, die alles doet om haar zoon te kunnen laten studeren en voor hem naar Leiden verhuist. Daar wonen ook zijn zussen Jacqueline en Catootje. In Nederlands-Indië woont Snouck eerst in een huis in de inheemse kampong achter de wijk Kramat en later in een grote woning in de wijk Parapatan aan de Djalan Kampong Lima (later de Oude Tamarindelaan geheten en nu de Jalan Wahid Hasyim). Daar woont hij met zijn vrouw Sangkana, de dochter van de

hoofdpenghoeloe van Tjamis, hadji Moehamad Ta’ib, met wie hij in 1889 trouwt. Sangkana overlijdt in het kraambed in oktober 1895. Later trouwt hij met de 28-jaar jongere Siti Sadijah (Buah). Bij de twee vrouwen krijgt Snouck in totaal vijf kinderen. Hij leeft zijn leven in Indië nadrukkelijk als een moslim, drinkt geen alcohol en eet geen varkensvlees. Bij zijn vertrek in 1906 naar Nederland laat hij zijn Indonesische familie achter op Java. Eenmaal in Nederland trouwt Snouck met Ida Oort. In 1914 wordt hun dochter Christien geboren.