Setelah tinggal di Makkah, Snouck memutuskan untuk kemudian pergi ke Hindia Belanda guna mempelajari masyarakat Islam di sana. Dia berhasil meyakinkan Menteri Tanah Jajahan Keuchenis untuk mengirimnya ke koloni sementara waktu selama dua tahun. Pada Maret 1889 dia berangkat dari Leiden menuju Batavia dengan tugas meneliti Islam di Jawa. Untuk perjalanan penelitiannya itu Sayyid Usman dan Haji Hasan Moestapa ditunjuk menjadi asisten pendampingnya. Demikianlah, awal masa kariernya sebagai penasihat Urusan Pribumi dan Arab di Hindia Belanda yang pada akhirnya berlangsung selama 17 tahun. Di sepanjang tahun-tahun ini, kepada pemerintah Belanda termasuk berbagai pejabat pemerintahan lokal Snouck memberikan

nasihat-nasihat menyangkut Islam pada umumnya, penerapan hukum Islam, bagaimana menghadapi urusan-urusan Islam, dan bagaimana sebaiknya masyarakat muslim dipimpin. Dia juga mempunyai pengaruh penting pada penunjukan penghulu dan penghulu kepala di Jawa dan daerah-daerah lain. Dia menyatakan bahwa Islam di Hindia Belanda memiliki ciri tersendiri karena mistik berperan utama. Berbagai keyakinan dan tradisi pra-Islam tetap hidup. Meskipun demikian, hal ini sebenarnya tidak menjadikan masyarakat Islam Indonesia kurang muslim dibanding dengan masyarakat Islam di tempat lain di dunia. Pernyataannya tentang soal agama memiliki otoritas, juga di kalangan umat Islam Indonesia.