In 1906 wordt Snouck benoemd tot hoogleraar Arabisch aan de Leidse universiteit. Tevens wordt hij adviseur van het ministerie van Koloniën, mede omdat zo zijn inkomen op peil blijft. Hij zou de rest van zijn leven grote indruk blijven maken met zijn fenomenale kennis van de islam, de Arabische wereld en de samenlevingen in Nederlands-Indië. Bestuurlijke functies, ambtelijke adviezen, academisch onderwijs en de pogingen Nederlandse koloniale denkers, politici en bestuurders te overtuigen van zijn ideeën hoe Nederlands-Indië het beste kon worden bestuurd, vergen alle aandacht. Zoals bij veel anderen wijzigt Snoucks visie op de wereld zich als gevolg van de gruwelijkheden van de Eerste

Wereldoorlog. Hoe langer hoe meer raakt hijovertuigd van de waarde van een democratische staatsvorm en verliest hij door de oorlog en het nationalisme waaraan ook zijn buitenlandse collega’s ten prooi vallen ieder geloof in de superioriteit van de Europese beschaving. Gevolg is dat hij na de oorlog niet langer streeft naar de associatie van de Indonesische elite aan de Nederlandse cultuur en de vorming van één natie met westerse en oosterse Nederlanders. Het geven aan Nederlands-Indië van een zo groot mogelijk autonomie in combinatie met een democratische staatsvorm wordt nu zijn streven.