Snouck verblijft in 1891 en 1892 in Atjeh. Hij leert de Atjehse taal en doet onderzoek naar de politieke en maatschappelijke situatie in het gebied. Hij adviseert het koloniale gouvernement in het vervolg geen aandacht meer te besteden aan de sultan van Atjeh die geen werkelijke macht  in het gebied heeft, de vijanden van Nederland (vooral lokale ulama’s) met geweld te onderwerpen en het vertrouwen van de bevolking te winnen door de landbouw, nijverheid en vooral de handel te bevorderen. Het duurt tot 1898 voordat deze politiek wordt uitgevoerd door de nieuwe gouverneur van Atjeh, generaal Jo van Heutsz. Snouck is zijn adviseur en samen slagen ze erin het Atjehse verzet te breken. Morele bezwaren tegen het voeren van oorlog heeft Snouck niet.  Omstreeks de eeuwwisseling is hij een exponent van het ‘ethisch imperialisme’, al bestond die term in zijn tijd nog niet. Gebieden waar in zijn ogen slechts anarchie is, een

despotisch bestuur of waar benden de dienst uitmaken, moeten onder koloniaal gezag worden gebracht, desnoods met militair geweld. In Atjeh komt daar nog bij dat daar tegen het einde van de negentiende eeuw sprake is van een al 25 jaar voortslepend gewapend conflict waaraan een einde moet worden gemaakt. Vervolgens kan de koloniale overheid daar en elders zorgen voor een rechtvaardig bestuur en moderne vooruitgang. Natuurlijk moet het geweld tijdens de oorlog beperkt worden. Een militaire operatie waarin nodeloos kampongs worden platgebrand of boeren vermoord kan alleen maar een averechts effect hebben. Maar dat er slachtoffers vallen bij het Nederlandse optreden was iets wat Snouck als een noodzakelijk kwaad aanvaardt. De Atjehoorlog zoals die met de ideeën van Snouck wordt gevoerd, is wellicht de eerste antiguerrilla- of counterinsurgency-campagne uit de geschiedenis.