Di sepanjang hidupnya Snouck dikelilingi oleh wanita. Ayahnya wafat ketika dia baru menginjak umur 13 tahun. Wanita terpenting dalam hidupnya adalah ibunya, yang mau melakukan semua agar anak laki-lakinya dapat kuliah dan untuk itu juga pindah ke Leiden. Di rumah yang sama selain Snouck dan ibunya, juga tinggal kakak dan adik perempuannya, Jacqueline dan Catootje. Di Batavia Snouck pertama-tama tinggal di sebuah rumah di perkampungan pribumi di belakang daerah Kramat dan di kemudian hari di rumah yang besar di daerah permukiman Parapatan di Jalan Kampong Lima (yang kemudian disebut Oude Tamarindelaan dan sekarang Jalan Wahid Hasyim). Di sana dia

tinggal dengan Sangkana yang dinikahinya pada 1889, anak perempuan dari penghulu kepala Ciamis Haji Hasan Moestapa. Pada Oktober 1895 Sangkana meninggal dunia akibat keguguran. Beberapa waktu sesudahnya dia menikah dengan Siti Sadijah (Buah) yang 28 tahun lebih muda. Dengan kedua istri itu dia memperoleh lima anak. Dia menjalani hidupnya di Hindia sebagai muslim, tidak minum alkohol, dan tidak makan daging babi. Pada tahun 1906 dia berangkat ke Belanda dan meninggalkan keluarga Indonesianya di Jawa. Di Belanda dia menikah dengan Ida Oort. Pada 1914 lahir anak perempuannya, Christien.